陷入法舰炮火集中攻击中的“柯尼斯·威廉”号努力调整成舷侧对敌阵位。不甘于被动挨打，装备在“柯尼斯·威廉”号舰尾的1门210毫米口径的大炮首先开始了还击。
冲在最前面的法国旗舰“海洋”号首先被2颗炮弹击中了舷侧，炮弹穿透铁甲被铁甲之内的橡木内衬阻滞处。孤拔预料到普军的火力如此之猛，但他没有想到普军拥有的210毫米火炮能首发命中。不久，又一颗射自“柯尼斯·威廉”号主炮台的炮弹射来，击中了“海洋”号的舷侧炮位，1门240毫米主炮严重受损，但是周遭的人员没有损伤，因为这颗射来的普军炮弹是不会爆炸的实心弹。
几乎与上述的一幕同时发生，站在“柯尼斯·威廉”号飞桥上的舰长茨威格猛然间感到脚下一阵剧烈震动，伴随着爆炸声，一团火焰从舰体左舷中部升起。“海洋”号和“马伦戈”号的270毫米主炮接连击中了“柯尼斯·威廉”号。
由于“柯尼斯·威廉”号船大炮多，因而是法国海军的重点攻击对象，孤拔率舰冲进港内之后，便指挥四艘铁甲舰，集中火力对它进行攻击，以求先声夺人。
在四艘法国铁甲舰的猛烈轰击下，“柯尼斯·威廉”号的巨大舰体很快便成了蜂窝，“它不断被炮弹击中，铁质的舰体无法承受如此重创，海水顺着破口不断灌入舰内，它的左舷一下子炸裂开来……巨大的船只受到接连不断的致命的炮火轰击，不断地发出气喘声，机器奄奄一息，就像肺部在呼吸最后的一口气一样……”
猝然遭受重创的“柯尼斯·威廉”号开始不断地倾斜下沉，但普鲁士水兵仍然在努力地操纵它往岸边浅水区挪动，意图搁浅自救，最终还是无法支撑，在近岸地方无助地沉没。因为该处海水不深，沉没后的“柯尼斯·威廉”号还有大量上层建筑露出水面。开战不到10分钟，普鲁士海军的旗舰即痛苦地沉没了，似乎预示了此战的结局。就在“柯尼斯·威廉”号铁甲舰下沉的最后时间里，一名不知名的普鲁士水兵爬上桅杆，高扬起一面黑鹰旗，号召港内的其他军舰坚持作战。
在“柯尼斯·威廉”号遭到重创的同时，一艘普鲁士军舰冲出了阵列。这是普鲁士巡洋舰“赫尔塔”号。
“赫尔塔”号是普鲁士建造的巡洋舰，排水量只有2580吨，机动性要比大型军舰更为灵活。在听到港口外传来炮声时，舰长凯勒少校就觉察情势不对，预先下令起锚，这一十分警觉的举动使得“赫尔塔”号成为基尔港之战中最先进入主动攻敌状态的普鲁士军舰之一。“赫尔塔”号巡洋舰此时之所以突然开动，和“柯尼斯·威廉”号铁甲舰的沉没大有关系。还在“柯尼斯·威廉”号遭到法舰炮火聚攻时，舰体小、转向灵活的“赫尔塔”号就准备驶近“柯尼斯·威廉”号，帮助旗舰抵御炮火，但尚未来得及赴援，“柯尼斯·威廉”号便已经沉没了，“赫尔塔”号上的官兵们悲痛不已，决心要拼死扭转眼前的不利局面。
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